Aceasta serie este continuarea anime-ului Naruto. La 2 ani si jumatate dupa ce Naruto a plecat cu Jiraya sa se antreneze, el se intoarce in Konoha, pentru a se reuni cu Sakura si Kakashi, membri ai Echipei 7, din care face parte si Naruto. Pe parcursul seriei, Echipei 7 i s-au mai alaturat doi membri, Sai, un baiat ce provine dintr-o organizatie obscura a satului, si Yamato, singurul ninja ce poate folosi abilitatile unice ale Primului Hokage. Ei incearca sa il aduca inapoi in sat pe Sasuke Uchiha, care a plecat la sfarsitul primei serii pentru a se alatura lui Orochimaru, un ninja criminal ce ii promisese mai multa putere. De asemenea protagonistii se vor confrunta si cu Akatsuki, o banda de shinobi raufacatori ce vor sa captureze toate bestiile mistice, Bijuu, din interiorul gazdelelor lor numite Jinchuriki, printre care se afla si Naruto ce poseda Vulpea cu Noua Cozi, cea mai temuta dintre creaturi.